MARC details
| 000 -LEADER |
|---|
| campo de control de longitud fija |
02556naa a2200325 a 4500 |
| 003 - IDENTIFICADOR DE NÚMERO DE CONTROL |
|---|
| campo de control |
AR-LpUFIB |
| 005 - FECHA Y HORA DE LA ÚLTIMA TRANSACCIÓN |
|---|
| campo de control |
20240131183132.0 |
| 007 - CAMPO FIJO DE DESCRIPCIÓN FÍSICA--INFORMACIÓN GENERAL |
|---|
| campo de control de longitud fija |
ta |
| 008 - DATOS DE LONGITUD FIJA--INFORMACIÓN GENERAL |
|---|
| campo de control de longitud fija |
230201s2018 xx do 000 0 eng d |
| 024 8# - IDENTIFICADOR DE OTROS ESTÁNDARES |
|---|
| Número estándar o código |
DIF007094 |
| 040 ## - FUENTE DE CATALOGACIÓN |
|---|
| Centro catalogador/agencia de origen |
AR-LpUFIB |
| Lengua de catalogación |
spa |
| Centro/agencia transcriptor |
AR-LpUFIB |
| 100 1# - ENTRADA PRINCIPAL--NOMBRE DE PERSONA |
|---|
| Nombre de persona |
Rucci, Enzo |
| 9 (RLIN) |
252384 |
| 245 10 - MENCIÓN DEL TÍTULO |
|---|
| Título |
SWIFOLD : |
| Resto del título |
Smith-Waterman implementation on FPGA with OpenCL for long DNA sequences |
| 260 ## - PUBLICACIÓN, DISTRIBUCIÓN, ETC. |
|---|
| Lugar de publicación, distribución, etc. |
: |
| Nombre del editor, distribuidor, etc. |
, |
| Fecha de publicación, distribución, etc. |
2018 |
| 300 ## - DESCRIPCIÓN FÍSICA |
|---|
| Extensión |
1 archivo (764,0 kB) |
| 500 ## - NOTA GENERAL |
|---|
| Nota general |
Formato de archivo PDF. -- Este documento es producción intelectual de la Facultad de Informática - UNLP (Colección BIPA/Biblioteca) |
| 520 ## - RESUMEN, ETC. |
|---|
| Sumario, etc. |
Background The Smith-Waterman (SW) algorithm is the best choice for searching similar regions between two DNA or protein sequences. However, it may become impracticable in some contexts due to its high computational demands. Consequently, the computer science community has focused on the use of modern parallel architectures such as Graphics Processing Units (GPUs), Xeon Phi accelerators and Field Programmable Gate Arrays (FGPAs) to speed up large-scale workloads. Results This paper presents and evaluates SWIFOLD: a Smith-Waterman parallel Implementation on FPGA with OpenCL for Long DNA sequences. First, we evaluate its performance and resource usage for different kernel configurations. Next, we carry out a performance comparison between our tool and other state-of-the-art implementations considering three different datasets. SWIFOLD offers the best average performance for small and medium test sets, achieving a performance that is independent of input size and sequence similarity. In addition, SWIFOLD provides competitive performance rates in comparison with GPU-based implementations on the latest GPU generation for the large dataset. Conclusions The results suggest that SWIFOLD can be a serious contender for accelerating the SW alignment of DNA sequences of unrestricted size in an affordable way reaching on average 125 GCUPS and almost a peak of 270 GCUPS. |
| 534 ## - NOTA SOBRE LA VERSIÓN ORIGINAL |
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| Encabezamiento principal del original |
BMC Systems Biology, 12(S5), pp. 44-131. |
| 650 #4 - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL DE MATERIA--TÉRMINO DE MATERIA |
|---|
| Término de materia o nombre geográfico como elemento de entrada |
COMPUTACIÓN DE ALTO RENDIMIENTO - HPC |
| 9 (RLIN) |
256064 |
| 653 ## - TÉRMINO DE INDIZACIÓN--NO CONTROLADO |
|---|
| Término no controlado |
ADN |
| 653 ## - TÉRMINO DE INDIZACIÓN--NO CONTROLADO |
|---|
| Término no controlado |
Smith-Waterman |
| 700 1# - ENTRADA AGREGADA--NOMBRE PERSONAL |
|---|
| Nombre de persona |
García, Carlos Diego |
| 9 (RLIN) |
253665 |
| 700 1# - ENTRADA AGREGADA--NOMBRE PERSONAL |
|---|
| Nombre de persona |
Botella, Guillermo |
| 9 (RLIN) |
257683 |
| 700 1# - ENTRADA AGREGADA--NOMBRE PERSONAL |
|---|
| Nombre de persona |
De Giusti, Armando Eduardo |
| 9 (RLIN) |
248540 |
| 700 1# - ENTRADA AGREGADA--NOMBRE PERSONAL |
|---|
| Nombre de persona |
Naiouf, Ricardo Marcelo |
| 9 (RLIN) |
248556 |
| 700 1# - ENTRADA AGREGADA--NOMBRE PERSONAL |
|---|
| Nombre de persona |
Prieto-Matias, Manuel |
| 9 (RLIN) |
257513 |
| 856 40 - LOCALIZACIÓN Y ACCESO ELECTRÓNICOS |
|---|
| Identificador Uniforme de Recursos |
<a href="https://doi.org/10.1186/s12918-018-0614-6">https://doi.org/10.1186/s12918-018-0614-6</a> |
| 856 40 - LOCALIZACIÓN Y ACCESO ELECTRÓNICOS |
|---|
| Identificador Uniforme de Recursos |
<a href=" http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=1679"> http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=1679</a> |
| 942 ## - ELEMENTOS DE ENTRADA SECUNDARIOS (KOHA) |
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| Tipo de ítem Koha |
Capítulo de libro |